Испытательная лаборатория ЗАО «НПО «Эшелон» провела сертификационные испытания программного продукта «Автоматизированная информационно-аналитическая система обеспечения финансово-хозяйственной деятельности таможенных органов» версии 2.5. По результатам испытаний ФСТЭК России был выдан сертификат соответствия №2672.
Согласно сертификату, выданному от 9 июля 2012 года, «АИС ФХД» является защищенным программным средством обработки информации, не содержащей сведения, составляющие государственную тайну, и соответствует требованиям РД «Защита от несанкционированного доступа к информации. Часть 1. Программное обеспечение средств защиты информации. Классификация по уровню контроля отсутствия недекларированных возможностей» (Гостехкомиссия Россия, 1999) по 4 уровню контроля.
Проводили испытания эксперты испытательной лаборатории ЗАО «НПО «Эшелон» (аккредитованной в Минобороны России, ФСБ России, ФСТЭК России), которые участвовали в сертификации более нескольких сотен программных продуктов, средств и систем защиты информации, в том числе: Dr.Web 4.хх, 5.0, 6.0, Stocona antivirus 3.1 Professional, Антивирус Касперского, ESET Nod32 Platinum Pack 4.0, «ФПСУ-IP», «МЭ-023», CheckPoint Firewall-1/VPN-1, Check Point UTM-1 Edge, ESET NOD32 Firewall, Nortel, Cisco PIX, Cisco ASA, Eudemon, TrustAccess и TrustAccess-S и др.